準備

Rファイル

次のサイトにあるRファイル(r-ueda.zip)をダウンロードして，RStudioの作業ディレクトリーにコピーしてください。
r-ueda

S.R: 開始ファイル
E.R: 実行ファイル
F.R: 関数ファイル
*.txt: データファイル

有用な関数

必要に応じて，次の関数を使用します。

Ca() #クリアオール(全部消去)＋再スタート
rm(list=ls()) #全部消去
dev.off() #デバイスを閉じる (初期値に戻る)
source(‘S.R’); Start() #開始/初期化
par(mar=c(2,2,2,2)) #余白の大きさ(下，左，上，右, 単位: mex)
load(“.RData”) #ワークスペースをロード
save.image(“.RData”) #ワークスペースを保存
getwd() #Get working directory # 作業ディレクトリ(working directory)を確認
setwd(dir) #Set working directory # 作業ディレクトリ(working directory)を設定
すべて折りたたみ: (Win) Alt+O (Mac) Ctrl+Command+O
すべて展開: 　　　(Win) Alt+Shift+O (Mac) Ctrl+Command+Shift+O

スペイン語文字・日本語(MAC)を扱うために次の関数を使用します：
Sys.setlocale(category = ‘LC_CTYPE’, locale = ‘spanish’)#スペイン語文字
par(family = “HiraKakuProN-W3”) #日本語(MAC)

パッケージ

次のパッケージをインストールします。(インストールは一度だけです。)

install.packages(“RColorBrewer”)
install.packages(“data.table”)
install.packages(“epitools”) #epitools
install.packages(“factoextra”) #PCA
install.packages(“ggmosaic”)
install.packages(“ggnewscale”)#ggnewscale (scale_fill)
install.packages(“ggrepel”) #文字列のプロットを重ねない
install.packages(“magrittr”)
install.packages(“maptools”) #pointLabel
install.packages(“mosaid”) #ggnewscale
install.packages(“patchwork”) #p1 + p2出力
install.packages(“textplot”) ##不要？
install.packages(“vcd”) #mosaic
install.packages(“wesanderson”)
install.packages(‘colorspace’) #slanter::sheatmap
install.packages(‘dendextend’) #slanter::sheatmap
install.packages(‘ggpubr’) #ggdensity etc.
install.packages(‘ggtext’) #
install.packages(‘gplots’) #
install.packages(‘lattice’)
install.packages(‘pheatmap’)
install.packages(‘showtext’) #
install.packages(‘slanter’) #slanter::sheatmap
install.packages(‘stringr’) #文字列処理
install.packages(‘tidyverse’) #ggplot2
install.packages(‘vegan’) #

ライブラリ

次のライブラリを使用します。

library(‘colorspace’)
library(data.table); library(dendextend); library(dplyr)
library(epitools)
library(factoextra) #PCA
library(ggmosaic); library(ggnewscale); library(ggplot2); library(gplots)
library(ggrepel); library(grid); library(ggpubr); library(ggtext)
library(showtext)
library(lattice); library(latticeExtra)
library(MASS); library(magrittr); library(maptools); ibrary(mosaic)
library(patchwork); library(pheatmap)
library(RColorBrewer); library(reshape2); library(rlang)
library(scales); library(showtext); library(stringr); library(slanter)
library(textplot)
library(tidyr); library(tidyverse); library(tm)
library(viridis); library(vcd); library(vegan)
library(wordcloud)

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参考

トップページ

(東京大学 上田博人 Hiroto Ueda, 2022)